Na stacji kolejowej w Metropolis Clark i Lois jak i zgromadzeni goście czekają na pociąg, który przewozi cenne artefakty. Odpowiedzialny za organizację wystawy profesor Blackwing dostaje nagle informację o ataku na pociąg. Superman natychmiast udaje się na miejsce i w pociągu zastaje Talię i kilku ninja. Podczas walki bohater rzucając przeciwnikami rozbija jedną ze skrzyń, z której wylatuje artefakt, którego szukała Talia. Bohaterka wie jednak, że nie powstrzyma Supermana, dlatego detonuje ładunek umieszczony pod mostem pozostawiając tym samym bohaterowi wybór, albo schwyta ją, albo uratuje życie niewinnych.

Chociaż Superman z całych sił stara się zatrzymać pędzący pociąg, to może nie wystarczyć torów by go zatrzymać. Na szczęście w porę pojawia się Batman, który przestawia zwrotnicę dając tym samym bohaterowi cenne metry na zatrzymanie pociągu.

Po przeszukaniu pociągu Batman zdradza Supermanowi, że ninja, których powstrzymał należą do Ligi Cieni, którzy pracują dla Ra's al Ghula, potężnego człowieka bardziej niebezpiecznego niż Joker i Luthor razem wzięci. Nietoperz już od dłuższego czasu śledził ich poczynania.

Trop z pociągu doprowadza bohaterów do opuszczonego magazynu, gdzie został przygotowany plan napadu na pociąg. Na miejscu bohaterowie odkrywają ślady pozostawione prawdopodobnie przez wózek.

W swoim apartamencie Lois Lane zostaje napadnięta przez Talię. Później oglądając telewizję Clark widzi relację z akcji strażaków, którzy próbują uratować niezidentyfikowaną kobietę przywiązaną do wskazówek zegara na wieży. Kent rozpoznaje w niej Lois i natychmiast śpieszy jej na ratunek. Po uratowaniu kobiety okazuje się, że była to Talia, która przekazuje Supermanowi wiadomość od jej ojca, który chce się spotkać z bohaterem. Clark nie zamierza jednak się na to zgodzić, dlatego Talia wykorzystuje skradziony magiczny artefakt, który wysysa energię z Supermana, sprawiając, że ten jest całkowicie bezbronny.

Po tym jak Superman odzyskuje przytomność, bardzo stary i schorowany Ra's al Ghul wyjaśnia mu, że odmładzanie przy pomocy Jam Łazarza nie przynosi już skutków i dlatego starzec ma zamiar wykorzystać siły bohatera, by na nowo odzyskać młodość.

Kiedy Lois odszykuje przytomność odwiedza ją Batman. Pomiędzy bohaterami cały czas są pewne uczucia, ale Nietoperz nie ma czasu na takie sprawy i szybko znika z apartamentu, po tym jak obok szafy z ubraniami Lois znajduje ślady pewnej substancji. Po analizie dokonanej w batkomputerze przez Alfreda, okazuje się, że są to ślady paliwa wykorzystywanego w prywatnych odrzutowcach.

Na lotnisku Batman natrafia na całą grupę wojowników Ligi Cieni. Po ich pokonaniu i zniszczeniu całego hangaru, od jednego ze schwytanych ninja Nietoperz dowiaduje się gdzie przebywa Ra's al Ghul.

W towarzystwie Tali i swojego wiernego Ubu Ra's al Ghul zabrał Supermana do zaginionego miasta na pustynia Mesa de Oro. Okazuje się, że w podziemnych skałach przygotowana została specjalna maszyna mająca przekazać siły Supermana dla Ghula. Człowiek ze Stali wykorzystując nadarzającą się okazję próbował ucieczki, ale Tali udało się go ponownie powstrzymać przy pomocy artefaktu. Niestety podczas walki Ra's al Ghul umarł. Jego córka nie zamierza rezygnować z całej operacji bo ciało jest jeszcze ciepłe. Podłączenia Supermana do specjalnej maszynerii i wykorzystanie artefaktu pozwala na odmłodzenia Ra's al Ghula, który jest teraz silniejszy niż kiedykolwiek wcześniej. Jednak cały proces zostaje przerwany przez wtargniecie Batmana, który przy pomocy bataranga niszczy maszynę. Niestety Ra's al Ghul jest już dość silny by zająć się Batmanem. Talia nie zamierza jednak dopuścić by jej ukochany zginął z rąk jej ojca. Ten jednak nie ma zamiaru rezygnować. Czyni to jednak, kiedy Superman po odzyskaniu sił niszczy artefakt. Nie dochodzi jednak do walki pomiędzy bohaterami, bo Clark zwraca uwagę Ghulowi na fakt, że życie jego córki jest w niebezpieczeństwie, bo cała jaskinia zaczyna się walić. Ra's śpieszy na pomoc wiszącej nad przepaścią Tali ale, mimo że udaje mu się ją złapać, to oboje spadają wprost do podziemnej rzeki.

Po wydostaniu się z podziemnej jaskini Superman informuje Batmana, że dokładnie prześwietlił podziemną rzekę, ale nie natrafił na żaden ślad Ra's al Ghul i Tali. Nietoperz chwali Człowieka ze Stali za wykorzystanie podczas walki z przeciwnikiem rozumu i miłości Ghula do córki. Przed odlotem z pustyni Superman sugeruje, że być może ich współpraca ma przyszłość, ale Batman pozostaje sceptyczny do tej idei.

Autor: Q