Batman jest już gotowy by odpalić ładunki, które uratują miasto od zarazy która zmieniła wszystkich mieszkańców w zombie. Niestety zostaje zaatakowany przez Robina i Batgirl. Kiedy Batman już ma nacisnąć odpowiedni przycisk, wraca do wydarzeń sprzed 48 godzin.
W trakcie przygotowania przemówienia Bruce dostrzega batsygnał. Okazuje się że Hugo Strange chce się z nim widzieć. W Arkham Batman dowiaduje się że Strange chce uwolnić wirusa, który zamieni wszystkich mieszkańców Gotham w zombie, a proces można odwrócić tylko w ciągu 48 godzin. Strange niszczy antidotum, a strażnicy Arkham zamieniają się w zombie.
Podczas powrotu do jaskini Batman i Robin są świadkami jak wszyscy mieszkańcy zamieniają się w zombie. Batman ostrzega Alfreda, by ten nie wychodził z jaskini. W trakcie jazdy bohaterowie pobierają też próbkę powietrza, ale komputer nie wykrywa nic podejrzanego.
Batman i Robin odpowiadają na wezwanie Gordona, ale okazuje się że komisarz i jego ludzie też już zamienili się w zombie. Bohaterowie rozpoczynają walkę, po chwili na miejscu pojawia się Batgirl, ale także i ona zmieniła się w zombie. Bohaterowie uciekają, a Nietoperzowi udaje się zdobyć próbkę włosów Gordona.
W jaskini Bruce analizuje włosy, jednak gdy pojawia się zarażony Alfred rozpoczyna się walka. Bohaterom szybko udaje się zamknąć Alfreda, a brak nowych tropów zmusza ich do ponownego odwiedzenia Strange'a.
Hugo oferuje antidotum jeśli Batman zdradzi swoją tożsamość. W między czasie Robin zostaje zaatakowany przez Batgirl. A Strange wyjawia, że antidotum znajduje się wśród materiałów dowodowych policji. Batman bez problemu zdobywa lekarstwo, ale podczas powrotu do jaskini zostaje zaatakowany przez Robina i Batgirl. Mimo początkowych problemów Nietoperzowi udaje się powstrzymać atak zombie, po tym jak oferuje im antidotum.
Aby zdążyć przygotować lekarstwo dla wszystkich mieszkańców Gotham, Batman jedzie do nowej kryjówki, by tam dokończyć prace. Następnie Nietoperz umieszcza specjalne ładunki z lekarstwem po całym mieście, a kiedy ma już zdetonować ładunki zostaje zaatakowany przez Robina i Batgirl. Podczas walki Batman zaczyna się zastanawiać co się tak naprawdę wydarzyło, czemu próbki powietrze i włosów nic nie wykazały, dlaczego Strange powiedział gdzie jest antidotum? Kiedy Batman zaczyna przez ułamek sekund dostrzegać wśród, atakujących go zombie normalnych ludzi postanawia zaryzykować. Batgirl podaje mu lekarstwo dzięki, któremu wszystko wraca do normy. Okazuje się że Strange nie zniszczył w Arkham antidotum tylko specjalny gaz halucynogenny, po to by Batman uaktywnił prawdziwego wirusa.
