Nightwing walczy z Kapitanem Slashem, który planuje zniszczyć miasto. Złoczyńcy udaje się jednak wrzucić bohatera w chemikalia, a to oznacza, że gra jest skończona. Robin po raz kolejny poniósł porażkę w cyfrowym świecie.
Okazuje się, że postacią Kapitana Slasha kierował Marty Slack, który pracuje dla Jokera. Ze względu na to, że zaniedbał swoje obowiązku jest zmuszony dać coś specjalnego Jokerowi, by ten nie zrobił z niego obiadu dla swoich hien. Marty wręcza złoczyńcy specjalny hełm do wirtualnej rzeczywistości, który pozwoli umysłowi Jokera przelać pieniądze z kont bankowych na jego własne.
W WayneTech Bruce prezentuje nanoboty, które potrafią zamienić się w dowolny przedmiot, jaki zostanie wgrany do komputera. Niestety Wayne zmuszony jest opuścić swoich gości, bo właśnie doszło do włamania do banku.
W banku Joker wykorzystuje hełm, by ukraść pieniądze. Na miejscu pojawiają się Batman i Robin. Dick nokautuje pomocników klauna, a Batman rzuca w szaleńca batarangiem, co powoduje zwarcie w hełmie w wyniku, czego osobowość Jokera zostaje przesłana do komputera. By Batman nie zdążył odciąć komputera od sieci, Marty ściąga Jokera na swój sprzęt.
Prawdziwy Joker został odstawiony do szpitala, a cyfrowy wykorzystuje swoje nowe możliwości. Batman próbuje wykorzystać wirusa, by go powstrzymać, ale dopiero pomoc Robina, który odkrywa, że ich przeciwnik jest grze, skutkuje. Bohaterowie odkrywają też, że Joker został przesłany do WayneTech, by za pomocą nanobotow zyskać nowe ciało. Batman i Robin próbują go zatrzymać, ale nanobotowego Jokera znacznie trudniej złapać.
W międzyczasie prawdziwy Joker ucieka ze szpitala. Obaj złoczyńcy spotykają się w kryjówce. Żaden z nich nie jest zadowolony widząc drugiego, ale postanawiają pracować razem. Celem ich ataku jest magazyn z klejnotami. Jednak podczas włamania cyfrowy Joker zostawia prawdziwego za zamkniętą bramą, a sam wraca do swoich kompanów, a dzięki możliwości duplikacji udaje, że i prawdziwy wrócił. Na miejscu pojawiają się też prawdziwy Joker, oraz Batman i Robin, którzy próbują złapać złodziei, ale sami wpadają w pułapkę w postaci nanobatowego batmobile'a. Bohaterom udaje się uniknąć zmiażdżenia wykorzystując impuls elektromagnetyczny, który unieszkodliwił nanoboty.
Uciekający Joker zostaje zatrzymany przez gliniarza, który okazuje się być cyfrowym Jokerem. Teraz jego możliwości są jeszcze większe i nawet impuls elektromagnetyczny nie jest w stanie go powstrzymać. Batman, Robin i Joker, wpadają w ogromne kłopoty. Nietoperz prosi Alfreda o pomoc. W ostatniej chwili na ratunek bohaterom przybywa Batbot.
Walka staje się teraz bardziej wyrównana, ale cyfrowy Joker staje się coraz większy i zabawka Batmana nie jest go w stanie skrzywdzić, a nanoboty zaczynają atakować zbroję. Robin orientuje się, że Marty jest Kapitanem Slashem, dlatego postanawia wykorzystać jego laptop, by z powrotem umieścić Jokera w cyfrowym świecie. Nietoperz wykorzystuje antenę satelitarną, by zwiększyć sygnał, dzięki czemu nanobotowy Joker zostaje odesłany do gry, gdzie czeka na niego Nightwing, a prawdziwy Joker wraz ze swoimi pomocnikami zostaje aresztowany.
